太平真君七年(公元446年，刘宋元嘉二十三年)，当拓跋焘率军平定盖吴之乱时，发生了一件颇为出人意料的事，这件事本身可能没什么，但却引起了一场轩然大波。这是怎么回事呢？
原来拓跋焘来到长安后，进入一座佛教寺院，院中的和尚们十分殷勤，安排拓跋焘的侍从将官们喝酒。但当拓跋焘的侍从将官们来到和尚居住的房里时，吓了他们一跳，他们竟然发现那里有许多兵器，这可不是小事，他们赶忙出来将情报告诉了拓跋焘。
拓跋焘本就是个暴脾气，听到这一情况勃然大怒，坚决认定这不是和尚应该使用的东西，他们一定是同盖吴相通，是想图谋作乱。于是，拓跋焘下令将全寺院的和尚都杀了。但这还没完，在查封寺院的财产时，又发现酿酒的工具及州郡牧守、富人们所寄藏在这里数以万计的东西，又发现和尚挖的地下密室用来藏匿妇女。
其实这种情况在那个年代也不算特例，当时北魏境内寺庙众多，并且这些人可以免除租税、徭役。拓跋焘则是志在统一的君王，所以在他的理念中全民皆兵是最好的方案，但这些寺庙特权的存在不符合拓跋焘的理念，外加兵荒马乱，没有多余的钱养僧侣，以及僧侣的资产也很多，拓跋焘对这种现状很不满意，所以拓跋焘早在太延四年（公元438年，刘宋元嘉十五年）下诏，凡是五十岁以下的沙门一律还俗服兵役，但截至此时，拓跋焘虽对佛教不满，却也没动杀心。
真正让拓跋焘对佛教下狠心的还是崔浩。崔浩除了博学多才，也是个虔诚的道教徒，尤其是在结识了寇谦之后。寇谦之，字辅真，新天师道的领袖，冯翊太守寇修之的儿子。出生于长安的寇谦之，师从成公兴修道于嵩山。自称太上老君授予“天师”之位，得到老子玄孙李普文传授的《录图真经》。
对道教来说寇谦之是个改革者，在此之前道教背景的起义时屡见不鲜的，于是寇谦之猛烈抨击五斗米道旧道法,认为五斗米道在三张之后组织混乱,祭酒道官私传教职,招收不良弟子,任意榨取道民的钱财,又妄传张陵房中术,有损道教形象。针对这些弊病,寇谦之宣布将三张旧道法,特别是祭酒世袭制、租米钱税制及男女合气之术尽皆断禁，提出以封建“礼度”为主要内容、礼拜炼丹为主要形式的新教义，宣传儒家的“佐国扶民”思想。
经过寇谦之改革的道教自然是十分符合君王统治的。尽管在朝野信奉者很少，但在崔浩的劝谏下，拓跋焘也开始信奉道教，并派人奉玉帛牲畜去祭嵩山。拓跋焘又在平城东南建立天师道场，并把年号改为太平真君，成了十足的道教徒。
回到长安寺院这件事，崔浩开始在这件事上大做文章。崔浩向来就不喜欢佛教，经常向拓跋焘进言，认为佛教虚幻荒诞，在世上浪费财物损害百姓，应该全部灭掉。如果此前拓跋焘还不觉得事态有这么严重，但经过这次亲眼所见，让拓跋焘思想产生了变化。崔浩再次劝说拓跋焘将世上的和尚全都斩尽杀绝，并毁掉各种佛经佛像，这一次拓跋焘接受了他的建议。
颇为令人意外的是，寇谦之对此事是持反对意见的，并极力劝阻崔浩，但崔浩坚决不听。拓跋焘和崔浩首先杀了长安的和尚，然后焚毁佛经，摧毁佛像。这还不止，拓跋焘还下诏给留守的太子拓跋晃，让他通令全国，按长安诛杀和尚的办法去做。拓跋焘的诏书十分严厉，命令在外地征战或驻守的将领、刺史，凡有佛像和佛经等等的东西都必须摧毁焚烧，和尚不管年纪大小都要活埋。
这让太子拓跋晃犯难了，因为他平素就喜欢佛法。于是他多次尝试劝谏拓跋焘，但拓跋焘不听。他只好拖延时间，慢慢将诏书发下去，这就使远近寺院的和尚事先得到消息，各自想办法脱身，许多和尚都逃走藏了起来，幸免于难，同时把佛经佛像收藏起来。但佛塔、寺庙这些建筑却难以保全，最终也无一幸免。
虽然拓跋焘通过灭佛，在一定程度上减缓佛教过度发展给国家带来之不利，并获取一定的钱财补充国库。但佛教真的因此在北魏国内消失了吗？
