说起来十分搞笑，慈禧太后竟然死于腹泻，也就是拉肚子去世的。一代妖后死于拉稀，这恐怕也是对慈禧这个专权乱政，祸国殃民的女人最大的讽刺吧。
当然慈禧太后死于腹泻并不是阁主在这里胡说八道，而是史料记载慈禧太后本来就患有慢性腹泻的病，后来慈禧因为这个病加重，身体吃不消就一命呜呼了。
原来慈禧太后平日里就患有肠胃之病，但她的身体素质很好，还有就是皇宫内的饮食还有医疗条件都非常好，慈禧太后的肠胃病并没有影响到她执掌朝政，独断专行，也不妨碍她继续住持清朝的政务活动。
《慈禧外纪》：“虽以七十之高年，而毫不呈衰状者也。然此外亦无大病，精神仍好，言语如昔，仍每日勤劳国政。”
但是光绪三十四年也就是1908年六月开始，慈禧的身体突然不适，其肠胃病严重了，但是这并没有妨碍慈禧专权弄政。到了这年九月，慈禧的肠胃病开始出现了腹泻的情况。以后腹泻病久治不愈，且愈发严重，实则变成了痢疾，对慈禧的身体消耗很大，慢慢变得虚弱起来。
当然慈禧享受的生活条件，还有医疗条件都是非常好的。所以她的虽然患有腹泻的病，还能安安稳稳地过完自己的七十四岁大寿。
光绪三十四年十月初十日，也就是1908年11月3日，这一天是慈禧七十四岁大寿。慈禧在白天参加朝廷为她举行的祝寿庆典，晚上慈禧又兴致勃勃地出席在西苑颐年殿的演戏祝贺。
但是贺寿庆典之后，慈禧的身体就大不如前了，因为慈禧在这几天高强度的活动，再加上她本来就是老年人，所以身体有些吃不消，还有就是慈禧又吃了些不易消化的乳酪果饼，腹泻又加剧了。
十月十四日，慈禧的病情明显加剧。由名医吕用宾入诊用药。据清朝宫廷史料《内起居注》记载，自十月十六至十九日，慈禧没有参与政务活动，这说明慈禧病情加重了。
慈禧太后病情加重的事情，在皇宫内外已经传遍了，连幽禁深宫的光绪帝也知道了慈禧太后生命垂危，据说他得知消息，面露喜色。结果这件事被李莲英告知慈禧太后，“帝闻太后病，有喜色”。慈禧太后听完大怒，说了一句：“我不能先尔死”。
慈禧太后感觉自己生命垂危，命不久矣，于是她觉得应该考虑立嗣问题了。在此之前，慈禧派庆亲王奕劻到东陵恭送佛像，因喇嘛说佛像放在东陵可以驱邪，为太后治病。同时，庆亲王亦可顺道视察东陵工程进展情况。
这样做的目的就是为了在立嗣问题上避开奕劻。之后慈禧强打起精神来，秘密召见军机大臣世续和张之洞，征询为光绪帝立嗣的意见。
慈禧询问为光绪帝立嗣，谁更合适。世续、张之洞心中暗道，如果再立一个小孩子，又会造成另一个皇太后垂帘，对于清朝的这个烂摊子，这样的做法于国不利。
于是，他们推荐醇亲王奕譞之子，时年二十五岁而且也是军机大臣的载沣。张之洞和世续的理由是“国有长君，社稷之福，不如径立载沣”。
其实，对于立嗣慈禧早就心中有数，只是要考虑一下大臣的意见罢了。原来慈禧的意见是，任命醇亲王奕譞之子载沣为监国摄政王，立载沣的儿子溥仪为皇嗣子。
慈禧悲悲切切地答道：“你说得很好。但是，不为穆宗（同治帝）立后，终无以对死者。今立溥仪，仍令载沣主持国政，是公义私情两方面都没有遗憾了。”慈禧综合了他们的建议，和盘端出了自己的看法。即立载沣之子溥仪为嗣，由载沣主政。
张之洞反应敏锐，知道慈禧定下的事是不能轻易改变的，不如顺着好，他极为赞同慈禧的提议。慈禧虚心求教：“古代有成例吗？”
张之洞毕竟胸中有数，顺利答道：“前明有监国之号，国初有摄政王之名，皆可援以为例。”慈禧很快做出决策，果断地说：“好，可以两用。”即监国和摄政两用，载沣可任命为监国摄政王。
张之洞看看火候到了，急忙进一言：“皇帝临御三十余载，不可使无后。古有兼祧之制，似可仿行。”兼祧，即一个皇帝同时兼做两个皇帝的继承人。因为同治帝和光绪帝都没有后人，所以，溥仪既是同治帝载淳的继承人，又是光绪帝载湉的继承人。
慈禧极为明敏，她完全洞悉张之洞谏言的本意。这时她不忙于回答，而是默不作声，反复思索，最后同意了张之洞的建议。庆亲王奕劻没有能够参与为光绪帝立嗣的谋划。等他回京后，这已经成为事实了。庆亲王只得顺水推舟表示同意了。
爱新觉罗·溥仪是老醇亲王奕譞与慈禧太后妹妹的孙子，同时又是荣禄的外孙，在慈禧太后看来，爱新觉罗家族的血统似乎必须要有叶赫那拉氏的血液在其中流淌。这也恐怕是慈禧不让奕劻参加立嗣会议的原因吧。
慈禧当机立断，于十月二十日连发三道懿旨，命醇亲王载沣之子溥仪到上书房读书；醇亲王载沣授为摄政王；确立摄政王的地位。
慈禧谕旨发布的第二天光绪帝便死去了。据考古研究表明，光绪皇帝的头发还有身体中含有大量的砷，光绪帝系急性胃肠性砒霜中毒死亡。
那么，凶手是谁呢？现在尚不明确，有人认为是袁世凯，有人认为是慈禧太后，有人认为是李莲英，当然各种说法莫衷一是，具体细节已经淹没在历史的尘埃中了。
慈禧又于十月二十一日（11月14日）连发三道懿旨。立溥仪为皇帝，成为同治皇帝和光绪皇帝的继承人，还有就是载沣为摄政王监国摄政，处理大清的所有的军国大事。
第一道：
钦奉慈禧端佑康熙昭豫庄诚寿恭钦献崇熙皇太后懿旨：摄政王载沣之子溥仪著入承大统，为嗣皇帝。《清德宗实录》
第二道：
又钦奉皇太后懿旨：前因穆宗毅皇帝未有储贰，曾于同治十三年十二月初五日降旨，大行皇帝生有皇子，即承祧穆宗毅皇帝为嗣。现在大行皇帝龙驭上宾，亦未有储贰，不得已以摄政王载沣之子溥仪承继毅皇帝（同治帝）为嗣，并兼承大行皇帝（光绪帝）之祧。《清德宗实录》
第三道：
又钦奉皇太后懿旨：现值时事多艰，嗣皇帝尚在冲龄，正宜专心典学。著摄政王载沣为监国。所有军国政事，悉秉承予之训示，裁度施行。俟嗣皇帝年岁渐长，学业有成，再由嗣皇帝亲裁政事。
慈禧安排好身后大事，被尊为太皇太后后，就开始起草遗诏，其遗诏中的内容无疑就是为自己洗刷罪恶，说什么自己垂帘听政，临朝称制都是迫不得已，情势所迫等等话语。
予以薄德，只承文宗显皇帝（咸丰帝）册命，备位宫闱。迨穆宗毅皇帝（同治帝）冲年嗣统，适当寇乱未平，讨伐方殷之际。时则发捻交讧，回苗俶扰，海疆多故，民生凋敝，满目疮痍。予与孝贞显皇后（慈安）同心抚训，夙夜忧劳。秉承文宗显皇帝遗谟，策励内外臣工暨各路统兵大臣，指授机宜，勘求治理，任贤纳谏，救灾恤民。遂得仰承天庥，削平大难，转危为安。及穆宗毅皇帝即世，今大行皇帝（光绪帝）入嗣大统，时事愈艰，民生愈困，内忧外患，纷至沓来，不得不再行训政。前年宣布预备立宪诏书，本年颁示预备立宪年限，万几待理，心力俱殚。幸予体气素强，尚可支拄。不期本年夏秋以来，时有不适。政务殷繁，无从静摄。眠食失宜，迁延日久，精力渐惫，犹未敢一日暇逸。本月二十一日，复遭大行皇帝（光绪帝）之丧，悲从中来，不能自克，以致病势增剧，遂至弥留。回念五十年来，忧患迭经，兢业之心，无时或释。今举行新政，渐有端倪。嗣皇帝（溥仪）方在冲龄，正资启迪。摄政王（载沣）及内外诸臣，尚其协力翊赞，固我邦基。嗣皇帝以国事为重，尤宜勉节哀思，孜孜典学。他日光大前谟，有厚望焉。丧服二十七日而除，布告天下，咸使闻知。
当然她最后的话还是有点意思的，比她的官方遗诏要好多了。她说：“以后勿再使妇人与闻国政，此与本朝家法有违。须严加限制；尤须严防不得令太监擅权，明末之事可为殷鉴。”
至十月二十二日，名医张仲元、戴家瑜做出最后诊断：“请得皇太后六脉已绝，于未正三刻升遐。”慈禧太后彻底一命呜呼。
刘半农也曾经嘲讽慈禧：“中国有两个‘宝贝’，慈禧与赛金花，一个在朝，一个在野；一个卖国，一个卖身；一个可恨，一个可怜。”
