相比宋代，明代的武学科考更加规范和制度化，为应付策试而刊印的讲义之类，也逐渐发展起来。刘寅的《武经直解》甚至被官方钦点为教材，成为法定的军事教科书，取得了无可替代的地位。刘氏此书，连同赵本学的《孙子书》等，至今仍是人们研究《孙子兵法》的重要参考书。除此之外，郑灵、陈天策、曹允儒、黄献臣、李贽、何守法等人的注本，也都曾影响一时，对于研习《孙子兵法》不乏参考价值。
明代还产生了《火攻备要》《火攻挈要》等系统论述火攻战法的兵书，在祖述《孙子兵法·火攻篇》的同时，也吸收西方先进的火器战法，学习和借鉴西方的火攻理论。这对明代战术的丰富和战法的变革，都起到了重要作用。在军事科技飞速发展的明代，《孙子兵法》的兵学理论不仅没有过时，反而得到了更大程度的发挥，地位更加凸显。
明代著名抗倭将领胡宗宪、俞大猷、戚继光等人，将研习《孙子兵法》与自己长期抗倭的军事斗争实践相结合，对孙子兵学思想既有继承也有发展。其中最为著名的要数戚继光。从他留下的《纪效新书》《练兵实纪》等军事著作中，可以看到其系统研读《孙子兵法》，受到深刻影响的痕迹。戚继光的治军思想及用兵谋略等，也都可以从孙子兵学思想中找到源头。
文人学者深度参与
明代文人中，许多都喜研习兵书，如王阳明、李贽等都曾深入研究《孙子兵法》。王阳明是明代著名思想家和军事家，从他的军事活动实践和著述中，可见他对《孙子兵法》有过研究，而且善于在战争实践中加以运用。在《武经七书评》中，王阳明对《孙子兵法》和《吴子》等兵经也有要言不烦的评点。李贽注释《孙子兵法》的作品名曰《孙子参同》，至今仍是研究《孙子》的重要参考书。
